El suelo de la mayor parte del término municipal de Castro Urdiales, es principalmente calizo. Ésta circunstancia favorece la aparición de multitud de cuevas y galerías, pero además sustenta una flora muy particular.
El municipio cántabro sufrió una terrible deforestación de los montes y colinas entre los siglos XVI y XVII. La mayoría de sus bosques fueron talados para la construcción de embarcaciones y para abastecer a las diferentes herrerías repartidas por su territorio. Aún así, entre los parajes de las pedanías, podemos encontrar todavía algunos ejemplares arbóleos de más de 200 años.
Son característicos en este paisaje los bosques mixtos constituidos por una mezcla de diversas especies como el roble, abedul, el tilo, castaño, arce, avellano, cornejo, laurel, endrino, y serbal de cazadores.
En las zonas más rocosas se localizan los encinares. Se trata de un tipo de encinar específico denominado “encinar cántabro”. Este tipo de bosque está compuesto de especies mediterráneas como la propia encina, el laurel, aladierno, labiérnago y madroño. El sotobosque se cierra por trepadoras como la zarzaparrilla, la zarzamora, el brusco, la rubia, el helecho y los brezos. Curiosa resulta la presencia en estos encinares de ejemplares aislados de acebuche y olivo silvestre.
Desgraciadamente, todas estas especies autóctonas se mezclan con otras foráneas como el eucalipto, el pino y el plumero argentino. Las dos primeras dedicadas a la industria maderera. Especialmente dañino para el suelo resulta el eucalipto por la alta necesidad de agua que posee y por ser productor de sustancias limitantes del crecimiento de microorganismos y plantas, lo que genera un empobrecimiento dramático del suelo. Recientemente se está apostando por la reforestación de pequeñas áreas de propiedad municipal.
Es necesario ampliar el abanico vegetal hacia las cuencas fluviales, que aunque de escasa entidad merecen mención. Encontramos en ellas ejemplares de juncales y sobre todo alisedos. Los alisos cumplen un extraordinario papel como reforzador de los cauces mediante sus raíces. Abundan también los fresnos y sauces y especies trepadoras como la clemátide, la hiedra, la madreselva o la nueza negra. Vuelven a aparecer de nuevo arbustos como cornejos, avellanos, majuelos y saucos además de especies herbáceas como del antes mencionado helecho.